Genomics mầm bệnh
Phòng thí nghiệm của tôi sử dụng hệ gen để điều tra xem các bệnh truyền nhiễm có thể gây ra đại dịch và nhanh chóng lây lan trên toàn cầu như thế nào. Thông qua đó, chúng tôi hy vọng sẽ hướng dẫn các chương trình kiểm soát tốt hơn sẽ hiệu quả hơn nhiều trong việc ngăn chặn sự lây lan của dịch bệnh. Chúng tôi hiện đang theo đuổi ba chủ đề chính bao gồm (1) động lực lây truyền và sự tiến triển của đại dịch tả, (2) dịch tễ học bộ gen của SARS-CoV-2 trên khắp Mountain West, và (3) áp dụng phương pháp tiếp cận Một sức khỏe để hiểu về kháng thuốc kháng sinh .
Bệnh tả là một mô hình tuyệt vời để hiểu nhiều khía cạnh về dịch tễ học của các bệnh tiêu chảy do tính chất bùng phát của các đợt bùng phát và phân đặc biệt như nước gạo. Dựa trên các cuộc điều tra tập trung hơn trên phạm vi toàn cầu của chúng tôi về sự lây truyền, trọng tâm của chúng tôi đang chuyển sang cách chúng tôi có thể sử dụng thông tin di truyền này trên các quy mô không gian liên quan đến các can thiệp sức khỏe cộng đồng, chẳng hạn như hộ gia đình hoặc huyện. Chúng tôi cũng quan tâm đến tiện ích của giải trình tự thời gian thực để cung cấp các ước tính độc lập về các thông số dịch tễ học chính, chẳng hạn như R0 và ước tính tổng số trường hợp. Với những công cụ này, chúng tôi có thể đưa ra dự đoán tốt hơn về nơi có thể xảy ra đợt bùng phát dịch tả tiếp theo và chúng tôi có thể thiết kế các biện pháp can thiệp hợp lý, dựa trên bằng chứng để ngăn chặn dịch tả ở các vùng bị dịch
Bắt đầu từ tháng 2020 năm 2, phòng thí nghiệm của tôi đã nhanh chóng thích nghi để tiến hành giải trình tự bộ gen của SARS-CoV-19, loại vi rút gây ra đại dịch COVID-1,000 hiện nay. Cùng với phòng thí nghiệm của Darrell Dinwiddie (UNM), chúng tôi là đầu mối giải trình tự và gen cho New Mexico và Wyoming và là một phần của tập đoàn CDC-SPHERES. Chúng tôi hợp tác chặt chẽ với Bộ Y tế NM và WY, Phòng thí nghiệm Quốc gia Los Alamos, cũng như các cơ sở xét nghiệm trong khu vực để lấy mẫu và cung cấp phân tích liên quan đến phân tích ổ dịch và lịch sử lây truyền của vi rút trên khắp vùng Mountain West. Với khả năng này, chúng tôi đã giải trình tự gần 2 bộ gen virus từ các tiểu bang trong khu vực. Mục tiêu của chúng tôi là cung cấp dữ liệu có thể hành động trở lại cho các quan chức y tế công cộng của chúng tôi về cách SARS-CoV-XNUMX đang lây lan trong và giữa các cộng đồng và tiểu bang.
Chúng tôi cũng rất quan tâm đến việc áp dụng các kỹ thuật dịch tễ học bộ gen này để tìm hiểu cách thức các gen kháng thuốc chống vi khuẩn đang di chuyển qua các quần thể vi khuẩn và những áp lực thúc đẩy sự lây lan này. Việc sử dụng không thích hợp các chất kháng khuẩn cho cả động vật và thuốc cho người góp phần làm tăng sức đề kháng đối với các mầm bệnh vi khuẩn chính, chẳng hạn như Salmonella sp. và Escherichia coli. Vì sức khỏe của con người phụ thuộc vào sức khỏe của môi trường và sức khỏe động vật (tức là Một sức khỏe), việc hiểu được cách các gen AMR và các mầm bệnh kháng thuốc đang di chuyển giữa các quần thể động vật - con người - môi trường là điều tối quan trọng