Swift trình tự

Trong vòng một tuần sau khi một bệnh nhân tại Bệnh viện UNM xét nghiệm dương tính với COVID-19, phòng thí nghiệm của Domman, nơi xử lý phân tích trình tự bộ gen SARS-CoV-2, đã xác định rằng mẫu thử là biến thể Omicron.

Domman và Dinwiddie ngay lập tức thông báo cho Bộ Y tế New Mexico (DOH). Ngày hôm sau, DOH đã có thể phát hành một thông báo dịch vụ công rằng Omicron đã đến tiểu bang và khuyến khích các biện pháp phòng ngừa bổ sung.

“Đó là một sự thay đổi khá nhanh chóng,” Dinwiddie nói.

Dinwiddie, một trợ lý giáo sư tại Khoa Nhi UNM, cho biết việc nghiên cứu và theo dõi SARS-CoV-2 và các biến thể của nó cũng rất hữu ích trong việc giám sát hiệu quả của vắc xin.

Dinwiddie nói: “Khi chúng tôi bắt đầu thấy khả năng bảo vệ của những người được tiêm chủng giảm khi một chủng SARS-CoV-2 mới xuất hiện, đó là một dấu hiệu cho thấy có thể khả năng miễn dịch của họ đang suy yếu,” Dinwiddie nói. “Điều đó có thể được CDC và FDA sử dụng để xem liệu họ có cần phê duyệt một chất tăng cường khác hay không.”

Trước đại dịch, Dinwiddie, một trợ lý giáo sư tại Khoa Nội, đã nghiên cứu các loại virus đường hô hấp khác bằng cách sử dụng xét nghiệm bộ gen, và trọng tâm của Domman là giám sát bộ gen đối với bệnh tả trên quy mô toàn cầu. Domman cho biết các lĩnh vực chuyên môn của họ đã kết nối tốt khi đã đến lúc chuyển trọng tâm sang virus SARS-CoV-2 vào đầu năm 2020.

Domman nói: “Tôi nghĩ chúng ta có những bộ kỹ năng bổ sung cho nhau. “Tôi nghĩ đối với cả hai chúng tôi, đó là một quá trình chuyển đổi khá dễ dàng để áp dụng các bộ kỹ năng của chúng tôi cho SARS-CoV-2, và đó là lý do tại sao chúng tôi có thể xoay chuyển nhanh chóng và mọi thứ diễn ra suôn sẻ.”

Hai người đã xác định trình tự các mẫu dương tính với SARS-CoV-2 từ cả Bệnh viện UNM và các bệnh viện trên khắp New Mexico, cũng như từ một công ty xét nghiệm chẩn đoán lớn có tên là TriCore Reference Laboratories.

Dinwiddie nói: “Điều đó thực sự cho chúng tôi cái nhìn sâu sắc về cách thức virus được đưa vào trạng thái và nguồn gốc của những bệnh lây nhiễm này. "Sau đó, chúng tôi có thể theo dõi những người đã đến và dẫn đến sự lan truyền trong cộng đồng."

Trong khi Hoa Kỳ đã cải thiện đáng kể công việc thám tử bộ gen trong hai năm qua, có một điều đã khiến họ chậm lại: các cuộc thử nghiệm COVID-19 tại nhà.

Tất nhiên, lợi ích của việc xét nghiệm tại nhà lớn hơn các mẫu âm tính, nhưng những mẫu dương tính đó không được đưa vào hệ thống giám sát.

Domman nói: “Điều này có tác động mạnh mẽ không chỉ đối với chúng tôi, mà còn đối với số lượng trường hợp. “Về mặt tiếp cận mẫu và hiểu những gì đang lưu hành trong tiểu bang cũng như khu vực và quốc gia, đây chắc chắn là một vấn đề mà chúng tôi phải vượt qua.”

Để giải quyết vấn đề này, Domman cho biết nỗ lực của họ, cùng với TriCore và DOH, mục tiêu của New Mexico là giải quyết được ít nhất 5% tổng số các trường hợp dương tính trong một tháng nhất định.

“Đó là một cơ sở khá tốt,” anh nói. “Ở cấp độ đó, chúng tôi thường chọn các biến thể và biến thể phụ đang lưu hành xung quanh tiểu bang.”